武库舰先天不足显而易见。
保障系统繁杂
武库舰在作战中需要较多的伴随保障舰只,空中的卫星。侦察机、无人驾驶飞机、空中预警机或地面搜索雷达提供一个庞大的“作战协调、管制系统”,构成该系统的各环节紧密联系,哪一个环节出了问题,都会降低武库舰的打击精度甚至作战能力。
单舰反潜、防空能力弱
武库舰由于不准备装载反潜直升机,所以反潜能力远比其他大、中型舰只低。因为舰身较低,舰载雷达探测距离近,又不具备航母上搭载的各型预警机和战斗机,故单舰的防空能力十分脆弱。不具备“单兵”作战能力。
抗特殊海情能力低
由于武库舰的舰身低,作战时为隐蔽还要加大吃水,所以其在恶劣海情条件下的行驶速度和发射导弹所需要的稳定性等都是不好解决的问题。另外,武库舰作战的效费比太高,就是说武库舰发射的每枚导弹,价值都在100万美元以上,大量使用费用当然昂贵。而现今还在服役的战列舰发射一颗直径为406毫米,重达二吨的炮弹,其威力也足以使敌人“闻风丧胆”,可这种炮弹的成本仅5000美元。