来源：中国生物技术网 2022-02-04 09:22
据英国媒体报道，在疫情爆发初期，一些研究人员就曾呼吁使用一种确定某种新冠疫苗是否有效的快速方法，即让接种的志愿者主动感染病毒，并推进对新冠病毒的进一步研究。
负责开展世界上首个人类挑战试验的研究团队表示，主动感染新冠病毒的试验对健康年轻志愿者是安全的。这项为期一年的试验由爱尔兰制药公司Open Orphan与英国伦敦帝国理工学院、英国政府的疫苗工作组和临床公司hVIVO联合开展。研究团队补充说，这些数据支持该模型的安全性，并为未来新冠病毒的研究奠定了基础。
在这项具有里程碑意义的"人类挑战研究"中，36名年龄在18至29岁之间、从未感染过新冠病毒的志愿者被通过滴鼻剂感染了小剂量的新冠病毒。
结果发现，18名志愿者被感染，其中16人随后出现轻度至中度类似感冒的症状，包括鼻塞或流鼻涕、打喷嚏和喉咙痛。一些人还经历了头痛、肌肉/关节疼痛、疲倦和发烧。但没有人出现严重症状。
此外，13名被感染的志愿者暂时失去了嗅觉，但在90天内，除了3人以外，其余所有参与者的嗅觉都已经恢复。3名志愿者在三个月后均表现出改善。
研究人员发现，感染后症状出现得非常快，平均只需要两天时间。具体而言，病毒首先出现在喉部，然后在第五天左右病毒载量达到峰值。这也是通常会出现最明显症状的阶段。在这个阶段，鼻腔中的病毒载量已显着多于喉部。在大多数人的鼻腔中病毒平均存活时间为6.5天。
到目前为止，包括来自世界卫生组织（WHO）的专家普遍认为，一个人感染新冠病毒到出现症状需要五到六天。
研究团队表示，他们现在开始研究该试验的其他部分，包括调查为什么34名参与者中有16人在接触病毒后没有被感染；一些人的鼻腔中可以检测到病毒，但在核酸检测中没有检测出阳性。(生物谷Bioon.com）
奥密克戎会终结新冠全球大流行吗？看看专家怎么说
来源：生物世界 2022-02-04 08:54
2021年11月26日，世界卫生组织（WHO）宣布将在南非发现的新冠病毒新变异株 B.1.1.529 命名为奥密克戎（Omicron），并列为受关注变异株（Variant of Concern， VOC），即风险等级最高的新冠病毒变异株。此后，奥密克戎迅速传播到全世界各地，并导致了新一轮大流行。
2021年12月23日，Nature 同期发表5篇论文，表明奥密克戎存在的大量突变导致其免疫逃逸大大提高，现有的疫苗和中和抗体防护效果显着下降。
2022年1月22日，Nature 同期发表2篇论文，发现奥密克戎在临床前啮齿动物模型中的感染和致病能力有所下降。
临床上实际观察到的结果也表明，奥密克戎感染后重症比例较之前的新冠毒株和突变株更低。这表明奥密克戎更为温和，因此有一种声音是奥密克戎的大规模传播有助于终结新冠大流行。
日前，Nature 发布一篇题为：Will Omicron end the pandemic？ Here’s what experts say 的专家访谈文章，讨论奥密克戎是否会终结新冠大流行。
2022年1月11日，也就是首次报道奥密克戎仅七周后，世界卫生组织（WHO）发出警告说：全球范围内将出现一场从西向东的奥密克戎感染“浪潮”。此时，欧洲和中亚的53个国家中已有50个国家报告出现奥密克戎感染病例。
最近几周，欧美国家已经感受到了奥密克戎感染浪潮的威力，例如英国，1月初达到了每天新增16万例奥密克戎感染者的峰值。奥密克戎的传播速度超过了之前所有新冠突变株，也超出了人们的想象。WHO欧洲区域主任 Hans Henri Kluge 表示，各国必须根据各自的流行病学情况、可用资源、疫苗接种情况和社会经济背景，尽其所能全力应对。
尽管有科研机构和科学家认为大量暴发式奥密克戎感染可能预示着新冠大流行的结束，但这随之而来的是短期免疫激增，因此有科学家警告说，当前的情况仍不稳定，也难以建模分析，认为奥密克戎会终结新冠大流行还为时尚早。
英国伦敦卫生与热带医学学院传染病模型专家 Graham Medley 认为，奥密克戎传播速度如此之快，以至于几乎没有时间准备任何类型的响应措施，因此，必须在巨大的不确定下做出决定。
快速传播 前所未有
奥密克戎感染人数可以在不到两天的时间内翻一番，这比之前的所有新冠病毒突变株都要快得多，也更接近公共卫生专家对较温和的流感病毒的预期。
伦敦大学学院（UCL）的医疗保健数据分析师 Christina Pagel 表示，我们以前从未见过这种传播速度的病毒，这意味着你无法摆脱困境，即使可以让每个人都接种疫苗，但疫苗仍需要两周时间才能生效，等待疫苗生效的这两周时间就处于仍能被奥密克戎感染前的中间状态。这使得政策制定者和为他们提供建议的科学家们处于一个两难境地，要么非常早地实施限制措施，要么什么都不做，顺其自然。然而，如果选择了后者，一旦发生什么异常，事情就到了无法挽回的状态。
情况复杂 难以建模
奥密克戎流行之初，英国的科学家们对于如何使用来自南非的奥密克戎感染情况数据来建模感染困惑，更新计算机模型来解释奥密克戎的生物学特性相对简单，然而，随着大流行的发展，模拟一个国家人口的基线免疫反应变得更加困难，因此基于模型判断如何限制奥密克戎传播变得更加困难。
在大流行早期，科学家在建模时可以假设全世界大多数人对新冠病毒的易感性是相同的，因为新冠肺炎是一种全新的疾病，大家都没有可用的疫苗，也都没有被感染过。然而，之后不同国家/地区采取了不同疫苗接种策略、不同疫苗类型、不同接种率，以及感染率和康复率的不同，导致了现在多样化的免疫格局，让情况变得异常复杂。
疫苗接种 差异巨大
英国爱丁堡大学的传染病学家 Mark Woolhouse 表示，感染新冠病毒后的住院率是一个非常关键的参数。一些研究人员在对奥密克戎建模时，假设奥密克戎导致的住院率与之前的突变株相同，这显然会导致一个更悲观的预测结果，实际上，奥密克戎从一开始就显示了更低的致病可能性。然而，通过南非奥密克戎数据进行建模时，数据中缺少一些重要细节，例如只知道奥密克戎感染后的重症比例下降，但具体下降多少呢？是10%，50%，还是90%？没有一个定量分析。
不同国家/地区采取了不同疫苗接种策略、不同疫苗类型、不同接种率，以及感染率和康复率的不同，这导致了不同国家和地区的人群产生了非常不同的免疫基线，因此难以准确预测奥密克戎在世界范围内的传播，也难以评估奥密克戎在疫苗接种率低的国家的流行情况。
英国莱斯特大学病毒专家朱利安·唐表示，奥密克戎在西欧、北美、非洲的传播方式差异很大，以至于用其中一个地区的数据建立的模型，对其他地区其实没什么用。
疫苗保护 大大下降
疫苗对奥密克戎感染的保护作用减弱，也使情况更加复杂化。实验室研究表明，占全球已接种的100亿剂疫苗中近一半的灭活病毒疫苗，几乎不会产生针对奥密克戎的抗体。
这是否意味着奥密克戎会更容易在这些接种了灭活病毒疫苗的地区和人群中传播呢？
英国爱丁堡大学的传染病学家 Mark Woolhouse 认为这也不一定，因为灭活病毒疫苗可能会诱导更广泛的免疫反应，从而对更广泛的毒株做出反应，灭活病毒会引发针对病毒蛋白的免疫反应，而不是刺突蛋白（S蛋白），而奥密克戎的刺突蛋白发生了大量突变。当然，这也是一个值得关注的问题，目前还没有相关正式分析报告。
菲律宾主要接种了灭活病毒疫苗，目前奥密克戎正在菲律宾大量传播，2022年1月份，菲律宾的奥密克戎感染者人数呈指数增长，尤其是首都马尼拉。不过菲律宾卫生发言人表示，目前马尼拉的奥密克戎感染人数已经开始放缓，但其他地区仍在增长。
目前，菲律宾的新冠疫苗接种率仍然较低，只有53%的人完成了完全接种，
菲律宾的疫苗接种率仍然相对较低，只有 53% 的人口完全接种了疫苗。那里的官员说，他们希望在 5 月之前为该国所有 7700 万成年人接种疫苗。
伦敦大学学院（UCL）的医疗保健数据分析师 Christina Pagel 表示，尽管新冠疫苗仍能有效防止感染奥密克戎后发展为重症，但已经不能很好地防止感染传播，他认为没有一种疫苗能够对新冠病毒提供长久防护。英国莱斯特大学病毒专家朱利安·唐认为，疫苗不会是结束新冠大流行的方式。
新冠流行 何时结束？
那么，新冠大流行的结局会如何呢？ 奥密克戎会终结新冠大流行吗？
英国伦敦卫生与热带医学学院传染病模型专家 Graham Medley 认为，奥密克戎不会是最后一个新冠突变株，还会有下一个有特点的突变株出现。
许多科学家认为，新冠病毒不太可能完全消失，新冠肺炎将不可避免地变成一种地方疾病。
伦敦卫生与热带医学学院的流行病学家 Sebastian Funk 认为，这种新冠病毒将与人类共存的观点很模糊，对不同人群来说意味着不同的东西，随着人群中针对新冠病毒的免疫力提升，我们将难以看到非常致命的新冠流行病，而变成了一种地方疾病，或者说是“与病毒共存”，但这很难准确地建模分析或预测。部分原因是即使最好的疾病分析模型也难以在这么短的时间里做出准确预测。
英国爱丁堡大学的传染病学家 Mark Woolhouse 认为，只有当大多数成年人在儿童时期就曾多次接触新冠病毒并建立了强烈的自然免疫力，他们才能真正的受到保护并免受严重症状，此时新冠肺炎才会成为真正的地方疾病。这一过程需要几十年时间，而如今的成年人，尤其是老年人在儿童时期并未接触过新冠病毒，因此他们仍然需要继续接种疫苗。
然而，这种躺平式的策略有很大的缺陷，因为依赖新冠病毒感染病建立自然免疫力的方式会导致患者长期新冠（Long COVID），这需要新冠病毒在变异过程中发展成重症率越来越低的温和突变株，目前来说，新冠突变株似乎越来越温和了，但谁又能保证下一个突变株会更加温和呢？(生物谷Bioon.com）
Nature：免疫记忆提供对新冠病毒的长期保护
2022年2月3日讯/生物谷BIOON/---关于通过感染或免疫暴露于SARS-CoV-2如何可能导致长期保护性免疫的许多问题仍未得到解答。在一项新的研究中，瑞士苏黎世大学免疫学系主任Onur Boyman及其研究团队仔细研究了这种长期保护是如何形成的。他们确定了决定短寿命的T细胞何时发展为长寿命的记忆T细胞的特定信号通路。相关研究结果发表在2022年2月3日的Nature期刊上，论文标题为“Signature of long-lived memory CD8 T cells in acute SARS-CoV-2 infection”。
从短寿命的杀伤性T细胞到长期记忆T细胞
由B细胞产生的SARS-CoV-2特异性抗体不足以有效保护人们免受这种病毒的侵害。对SARS-CoV-2的细胞免疫反应也同样重要。在这种情形下，SARS-CoV-2特异性CD8 T细胞发挥了关键作用，因为它们可以识别并杀死被SARS-CoV-2感染的细胞。这些细胞毒性T细胞（也称为杀伤性T细胞）能消除隐藏在宿主细胞内的SARS-CoV-2，并帮助防止数百万个新形成的SARS-CoV-2的传播。Boyman解释说，“这些T细胞通常只在短时间内活跃，并迅速消失。当涉及到建立长期的保护性免疫时，重要的是产生长寿名的记忆T细胞，它们在再次接触到这种病毒时能非常迅速地被激活。”这种迅速激活的能力称为免疫记忆。
以前的研究集中在对这种病毒作出反应而形成的整个CD8 T细胞群体。从急性病毒感染到康复后一年，Boyman和他的团队如今成功追踪了COVID-19患者中SARS-CoV-2特异性CD8 T细胞的单个克隆。他们还能够确定负责CD8 T细胞从短寿命的杀伤性T细胞转变为长寿命的记忆T细胞的信号通路，从中他们发现了一种独特的分子特征。
免疫信使决定了细胞类型
在他们的研究中，这些作者能够证实在急性SARS-CoV-2感染期间，长寿命的记忆CD8 T细胞的这种分子特征已经存在，因此这些细胞可以早期阶段的短寿命的同类T细胞区分开来。Boyman说，“记忆T细胞的独特特征包含了诸如干扰素之类的免疫信使的信号，干扰素是针对SARS-CoV-2的免疫反应的一个重要部分，也有助于控制病毒感染。”
免疫反应因人而异
这项研究揭示了对SARS-CoV-2的免疫记忆形成（或不形成）和维持的复杂方式。虽然一些感染会产生强大而持久的T细胞记忆，但其他感染却无法做到这一点。这种新发现的分子特征使我们有可能确定哪种类型的感染---例如，轻度或重度，全身性或仅限于粘膜---会产生持续的免疫力。免疫反应也可由含有不同的成分和佐剂的疫苗接种形成。Boyman说，“虽然每个人对这种病毒或疫苗接种的反应不同，但是细胞免疫在预防接种者和康复者的COVID-19严重病例中起着关键作用。”（生物谷 Bioon.com）
参考资料：
Sarah Adamo et al. Signature of long-lived memory CD8 T cells in acute SARS-CoV-2 infection. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-021-04280-x.
以毒攻毒！得过感冒，对减少新冠感染真的有帮助！
来源：生物探索 2022-02-02 09:13
在引起我们感冒的病毒中，其中有一部分属于冠状病毒，这些冠状病毒能够引起免疫系统的防御和攻击，使体内免疫T细胞能够轻易识别出新冠病毒，进而实现对人体的免疫保护。并且，以往也有研究表明其他冠状病毒诱导的T细胞能够识别SARS-CoV-2。
最近，在伦敦帝国理工学院的一项研究中，研究人员首次试验了当人类暴露于SARS-CoV-2时，这些被其他冠状病毒诱导的T细胞是如何影响人类感染新冠可能性的。
相关研究结果以“Cross-reactive memory T cells associate with protection against SARS-CoV-2 infection in COVID-19 contacts”为题，发表在Nature Communications上。
研究人员之一Rhia Kundu博士说，有些人即使暴露于SARS-CoV-2也不会感染病毒，至于究竟是什么原因，至今尚未可知。这或许是因为人体在此之前感染过其他类型的冠状病毒，它们所诱导产生的交叉反应性T细胞能够保护这部分人，使得他们不会轻易感染新冠病毒。
在这项研究中，一共有52名因与SARS-CoV-2感染者共同生活而接触该病毒的参与者被纳入试验，参与者们分别在开始试验之前、试验4天后及试验7天后接受了PCR检测，以确认是否出现病毒感染。在试验期间经过病毒检测，结果显示26人感染新冠病毒，26人尚未感染。
在参与者暴露于新冠病毒后的1-6天内，研究人员采集了他们的血液样本，分析了参与者因感染其他冠状病毒而诱导的预存T细胞水平，这类T细胞被证明可以识别新冠病毒的内部蛋白。研究人员发现，与感染新冠的26人相比，尚未感染的26人体内交叉反应性T细胞的水平明显更高，感染了新冠的接触者体内完全不存在此类T细胞，这类保护性T细胞主要靶向新冠病毒内部的非刺突蛋白，进而防止病毒感染。
目前，市场上的新冠疫苗主要针对病毒表面的刺突蛋白，不会诱导对病毒内部蛋白质的免疫反应，而经过其他冠状病毒诱导的这些T细胞，其目标是新冠病毒的内部蛋白。
因此，研究人员指出，除了我们现有的刺突蛋白靶向疫苗之外，这些内部蛋白提供了一种新的疫苗靶点，可以为人体提供更持久的免疫防护作用。因为T细胞反应持续时间比抗体反应持续时间更长，抗体反应在接种疫苗后几个月内就会减弱。
“刺突蛋白承受着来自疫苗诱导抗体的强烈免疫压力，推动了疫苗逃逸突变体的进化。相比之下，我们发现保护性T细胞靶向的内部蛋白质，其突变的可能性要少的多。所以，靶向病毒内部蛋白质的疫苗能够有效应对当前和未来的SARS-CoV-2变体”，伦敦帝国理工学院的医学博士AjitLalvani说。
综上，这项研究表明，其他冠状病毒诱导产生的交叉反应T细胞可以保护人体免受新冠病毒感染。值得一提的是，由于交叉反应T细胞的目标是病毒内部蛋白质而不是刺突蛋白，所以这项研究也提供了一个新的新冠疫苗靶点，在二代疫苗中若能够加入非刺突抗原，或可大大增强疫苗效果。(生物谷Bioon.com）
Nature：新研究发现9种新的冠状病毒
2022年1月31日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自加拿大、法国、俄罗斯、西班牙、美国和德国的研究人员重新分析了所有公开的RNA测序数据，发现了比以前已知的RNA病毒多出近10倍的病毒，包括在一些意想不到的地方发现的几种新的冠状病毒。这个全球规模的RNA病毒数据库可以帮助快速识别病毒外溢到人类，以及那些影响牲畜、作物和濒危物种的病毒。相关研究结果于2022年1月26日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery”。论文通讯作者为加拿大独立研究员Artem Babaian博士。
Babaian博士是Serratus项目合作的幕后推手。Babaian说，与云创新中心（加拿大英属哥伦比亚大学和亚马逊网络服务之间的公共/私人合作）合作，Serratus项目能够在亚马逊网络服务上建立一台“极其强大”的超级计算机，其功率相当于22500个CPU。
这台超级计算机读取了来自世界各地570万个生物样本的2000万GB（gigabyte, 千兆字节）的公开基因序列数据，寻找表明存在RNA病毒的特定基因。这些样本已经收集了13年，并在世界研究界内自由分享，包括从冰芯样本到动物粪便的一切样本。
Serratus项目的研究人员发现了132000种RNA病毒（以前只知道15000种）和9种新的冠状病毒。Babaian估计，如果没有云创新中心和亚马逊网络服务，传统的超级计算机需要花费一年多的时间和几十万美元来完成这项分析所需的2000年的CPU时间。Serratus项目在11天内花费24000美元完成了这一任务。
Babaian说，“我们正在进入一个了解自然界中病毒的遗传和空间多样性的新时代，以及各种各样的动物如何与这些病毒接触。我们希望是如果像SARS-CoV-2---导致COVID-19的冠状病毒---之类的病毒再次出现，我们不会措手不及。这些病毒可以更容易地被识别，并且可以更快地找到它们的天然病毒库。真正的目标是这些感染被及早识别，以至于它们永远不会成为大流行病。如果一名病人出现不明原因的发烧，一旦对血液进行测序，你如今可以将人类中的未知病毒与现有病毒的更大数据库联系起来。例如，如果一名病人在圣路易斯市出现了来源不明的病毒感染，你如今可以在大约两分钟内通过这种数据库进行搜索，并将这种病毒与例如2012年在撒哈拉以南非洲取样的一只骆驼联系起来。”
32岁的Babaian之前一直在加拿大英属哥伦比亚省癌症研究中心进行癌症基因研究，当COVID-19大流行病发生时，他转换了研究方向。Babaian说，这项新的研究是作为一个“有趣的副业”开始的，始于2020年3月3日，当时他和他的登山伙伴朋友---英属哥伦比亚大学工程系学生Jeff Taylor---“在一张餐巾纸的背面”勾勒出了这个想法。他指出，“我应该保留那张餐巾纸。”
Babaian不久后向英属哥伦比亚大学的云创新中心（Cloud Innovation Centre）寻求帮助。Serratus项目，以英属哥伦比亚省Tantalus山脉的Serratus山命名，他和Taylor在2020年的一次攀登中看到了这座山，于是发起了这个项目。
Babaian回忆说，当第一批研究结果开始在他的笔记本电脑上闪现时，他正坐在他妻子的护理椅上，这表明Serratus项目不仅在工作，而且以几乎难以理解的速度产生数据。
他说，“这可能是我生命中最激动人心的科学时期。有两种类型的乐趣。第一类是微笑和开玩笑。第二类是当你在做这件事的时候很痛苦，但记忆却很闪亮，就像攀岩。在许多方面，Serratus项目是第二类乐趣。你只需要相信它会成功。”
Babaian说，如果没有英属哥伦比亚大学云创新中心的支持，他不可能完成这项研究。他说，“云创新中心确实在那里为我们打开了大门。我们有一个想法，他们从他们的网络中带来了专家，使其成为现实。如今，全球社会可以从所有这些以前未被利用的研究中受益。”
英属哥伦比亚大学云创新中心主任Marianne Schroeder说，“Babaian带着一个创新的愿景找到了我们。英属哥伦比亚大学云创新中心的力量在于，我们将英属哥伦比亚大学的内部创新和技术团队与亚马逊网络服务的团队配对。我们非常荣幸能够支持这一愿景的实现；协助为复杂问题找到技术解决方案是我们的工作。”（生物谷 Bioon.com）
参考资料：
Robert C. Edgar et al. Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-021-04332-2.
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